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/home/cluster1/data/bu01/1121861/jlex/rdloci/alignments/igrs.txt
>J99_non-RD_RD-Red_1 CCTCCATAGGTAACCCATAGTTTTACCTTACTTTAGGGGTAGTTTAAGCTTTTAAATAAGGATCTCTTTTATTGTCAAATAACGCTACCATAAAAAATGATCTCAAAAGCCGACAGATAATTAAAAACTTAATGTTTTTAATCG >J99_RD-Red_non-RD_1 TTACCAACCTTTTTTCAAAAAACAATCTTACCCATCAAAACTATATCAATGGAAACTAATACGAAAAAATCCACTCAAGTTAGATCAACCCCTTTATTA >26695_non-RD_RD-Red_1 CCTCCATTTGTAAGTTTTACCTTACTTTAGGGATAGCTTAAGCTTTTAAATAAGGATCTCTTTTATTGCCAAATAACGCTACCATAAAAAATGTTTTCAAAAGCCGACAGATAATTAAAAACTTGGTGCAATGTTTTTAACCG >26695_RD-Green_RD-Red_1 GGCATAAGAAAATAAGAACACCATAAAATCGTTTTTAGCTTCTAGGAGACATCAGTCAGTTTCTTGCCATAGAAAAATCGCTTATTAGCTTGCTCCCTTTAAAAGGGTGTGAGTTTAAGGTATAAGGAAAACTTGTATCAAGTTTTATTGGAATGGATTAGAAAAATCTGATTGGATTGACCCTTACAATTTTTCAAACCAATCGTTTAATAGCGATTAAATATGRCTATATACACTACAACAATAAGATTTTGAAAGGTTGGTA >26695_RD-Red_RD-Green_1 GCATAAGAAAATAAGAACACCATAAAATCGTTTTTAGCTTCTAGGAGACATCAGTCAGTTTCTTGCCATAGAAAAATCGCTTATTAGCTTGCTCCCTTTAAAAGGGTGTGAGTTTAAGGTATAAGGAAAACTTGTATCAAGTTTTATTGGAATGGATTAGAAAAATCTGATTGGATTGACCCTTACAATTTTTCAAACCAATCGTTTAATAGCGATTAAATATGGCTATATATACTACAATAATAAGATTTTGAAAAGTGAGATTGTTTTTTGAAAGGATTTAA >26695_RD-Red_non-RD_1 TACCAACCTTTYTTTAAMAAACAATCTTACTTTWCAAAATYATATCATGGAAACTAATACGAAAAATCCACTCAAGTTAGATTGATTTATTTATTA >M-00-14_non-RD_RD-Red_1 AGACGCTAAGGAACTCTCTCTTTATAAGAGAGAGGTATAAAAATCATTCTTCATAATAAAACAACCCCATAAATTGCAACCGCTTGTATTTTGTGAAACGCTCAAACGCTAAAGACGATTGGAATTCCTACTAAGGAGTTTAAAAAAGGCTCTGTTCTAATTGGGTAACATAGAGTTTTTAAAATACCATAAATAAGCTAAAAACGATTTTATGGTGTTCTTATGC >J99_non-RD_RD-Green_2 AGATCCGCTAAAATTAAAACTCTCTCTTTTAAAAGAGGGAGGTAAAAATCATTCTTTATAAAACACCGCTAAAAATTGCAACCGCTTGTATTTTGTGAAACGCTCAAACGCTAAAAATGATTAGGATTCCTACTAAGGAGTTTAAAAAAGGCTCTATTCTAATTGGGTAATATAGAGTCTTTAAAATACCATAAATAAGCTAAAAACGATTTTATGGTGTTTTCTTATGCC >J99_RD-Green_non-RD_2 TTAAATCCTTTCAAAAAACAATCTTACCCATCAAAATCTTATTTTTGTAGTATATATAGTCATATTTAATCGCTATTAAACGATTGGTTTGAAAAATTGTGAGGGTCAATCCAATCAGATTTTTCTAATCCATTCCAATAAAACTTGATACAAGTCTGCCTTGATACCCAAATTCACACCCTTTTAAAGGGAATAATAGGTAATAACTCGCTAGCTAAACATTCACTCTCTGCTTGAGTGTAAGCCTTTATCATTCCTTTTGACCTACCAAATTATTAGCATTCCTCTCAATCAAGCCTTGAGAAATTCAATTACACCCTTGTTTAACATCGTAAGTCTAGTAACTTAAAGCTCTTTTTTAGAGATTGGGTTAGATTGATCCTTATCCTTAATTCAAGTGCATGCACATTCATCTTTGTTATCTTTAAGCAAGC >26695_non-RD_RD-Red_2 GATCCGCTAAATTTAAAACCCCCTCTTTTAAAAGAGGGAGGTAAAAATCATTCTTCATAAAACGCCACTAAAAATTGCAACCGCTTGTATTTTGTGAAACGCTCAAACGCTAAAGACGATTGGGATTCCTACTAAGGAGTTTAAAAAAGGCTCTGTTCTAACTGGGTAACATAGAGTTTTTAAAATACTATAAATAAGCTAAGAACGATTTTATGGTGTTTTCTTATGC >26695_RD-Red_RD-Red_2 TGTTAATAAAGAAATAGAAGCAGTTGCTAATACTGAAAAGAAAGCAGAAAAAGCGGGTTATGGTTATAGTAAAAGGATGTAGGCATAAGAAAATAAGAACACCATAAAATCGTTTTTAGCTTCTAGGAGACATCAGTCAGTTTCTTGCCATAGAAAAATCGCTTATTAGCTTGCTCCCTTTAAAAGGGTGTGAGTTTAAGGTATAAGGAAACTTGTATCAAGTTTTATTGGAATGGATTAGAAAAATCTGATTGGATTGACCCTTACAATTTTTCAAACCAATCGTTTAATAGCGATTAAATATGACTATATACACTACAACAATAAGATTTTGAAAGGTTGGTA >26695_RD-Red_Post-RD_2 AATCTTTGTAAAAAACCCACCAACTGATCTGATTATATTTGTAATGGCATTCGCTTGTTTAAAATGAGTCTCTTTATTTGCCTTTGCGTTASTGTCTCTGCGTTTTTGCCAACTTTATTTGTTTTTCCTGTTTTTACTGATTCCATTACCAACCTTTCAAAATCTTATTATTGTAGTATATATAGCCATATTTAATCGCTATTAAACGATTGGTTTGAAAAATTGTAAGGGTCAATCCAATCAGATTTTTCTAATCCATTCCAACAAAACTTGATACAAGTTTTCCTTATACCTTAAACTCACACCCTTTTAAAGGGAATAATAAGTAATAACTCGCTAGCTAAACATTCACTCTCTGCTTGAGTGTAAGCCTTTATCATTCCTTTTGACCTACCAAATATTAGCATTTCTCTCAATCAAGCCTTGAGAAATTCAATTACACCCTTGTTTAACATCGCAAGCCTAGTAACTTAAAGCTCTTCTTTAGAGATTGGGCTAGATTGATCCTTATCCTTAATTCAAGCGCATGCACATTCATCTTTGTTATCTTTGAATAAAC >M-00-14_non-RD_RD-Red-Long_2 CTTGGGTTACCTCCTAGTAGTTTACCTTACTTTAGGGATAGTTAAGCTTTTAAATAAGAATCCCTTTTATTACCAAATAACGCTACCATAAAAAATCAAAAGCCGACAGATAATTAAAAACTTGGTGTAATGTTTTAATCG >M-00-14_non-RD_RD-Red-Short_2 CGTATTCTTTTGTGGTATTTTAGCAAAATCGAATAAATACCATAAAATTTCCGAGGTACAATGGGTTAATCTTGTCTTGGAAAAAATTTGAAGAATCATCCTTAGGGTTAGCAGAAATCGCAAACTCGCAAAGTGTTTTATGTTCGCCAACGTTAAAAATCGCAACAAAATACTTCTTACTAAAAATATGGAGAGAGAAATATTTCTCTCTCAAAG >M-00-14_non-RD_RD-Green_2 GGACGCTAAGGAAACTCTCTCTTTTATAAAGAGAGAGGTATAAAAATCATTCTTCATAATAAAACAACGCCAAAAATTGCAACCGCTTGTATTTTGTGAAACGCTCAAACGCTAAAGACGATTGGAATTCCTACTAAGGAGTTTAAAAAAGGCTCTGTTCTAATTGGGTAACATAGAGTTTTTAAAATACCATAAATAAGCTAAAAACGATTTTATGGTGTTCTTATGC