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/home/cluster1/data/bu01/1121861/jlex/rdloci/alignments/.txt
>J99-L1-non-RD-Red_+ CCTCCATAGGTAACCCATAGTTTTACCTTACTTTAGGGGTAGTTTAAGCTTTTAAATAAGGATCTCTTTTATTGTCAAATAACGCTACCATAAAAAATGATCTCAAAAGCCGACAGATAATTAAAAACTTAATGTTTTTAATCG >J99-L1-Red-non-RD_+ TTACCAACCTTTTTTCAAAAAACAATCTTACCCATCAAAACTATATCAATGGAAACTAATACGAAAAAATCCACTCAAGTTAGATCAACCCCTTTATTA >J99-L2-non-RD-Green_+ AGATCCGCTAAAATTAAAACTCTCTCTTTTAAAAGAGGGAGGTAAAAATCATTCTTTATAAAACACCGCTAAAAATTGCAACCGCTTGTATTTTGTGAAACGCTCAAACGCTAAAAATGATTAGGATTCCTACTAAGGAGTTTAAAAAAGGCTCTATTCTAATTGGGTAATATAGAGTCTTTAAAATACCATAAATAAGCTAAAAACGATTTTATGGTGTTTTCTTATGCC >J99-L2-Green-non-RD_+ TTAAATCCTTTCAAAAAACAATCTTACCCATCAAAATCTTATTTTTGTAGTATATATAGTCATATTTAATCGCTATTAAACGATTGGTTTGAAAAATTGTGAGGGTCAATCCAATCAGATTTTTCTAATCCATTCCAATAAAACTTGATACAAGTCTGCCTTGATACCCAAATTCACACCCTTTTAAAGGGAATAATAGGTAATAACTCGCTAGCTAAACATTCACTCTCTGCTTGAGTGTAAGCCTTTATCATTCCTTTTGACCTACCAAATTATTAGCATTCCTCTCAATCAAGCCTTGAGAAATTCAATTACACCCTTGTTTAACATCGTAAGTCTAGTAACTTAAAGCTCTTTTTTAGAGATTGGGTTAGATTGATCCTTATCCTTAATTCAAGTGCATGCACATTCATCTTTGTTATCTTTAAGCAAGC